Vad var det för kommando du körde i terminalen? Har du prövat att reparera rättigheter från skivverktyget sedan du uppdaterade till Lion?
Om inte, så testa att reparera rättigheter och sedan indexera på nytt genom system prefrences.
Vad säger loggarna när du försöker att indexera på nytt från system prefrences? Man brukar kunna få något att gå på om man tittar där när felmeddelandet inte säger så mycket..