Hoppas jag missuppfattar det du skrev.
Du drar väl inte ut program ur programmappen och sprider ut dem i datorn, på skrivbord etc? Det kommer garanterat att ge dig problem i framtiden.
Dra i stället ned Safari-symbolen till dockan och släpp den där. Då skapas ett alias där som inte stör vid programuppdatering etc.
Alternativt kan du, med Safari markerat i program-mappen, gå in under Arkiv och välja "skapa alias av Safari". Detta alias kan du sedan lägga där du vill ha det.