Gamma tråd men jag har löst ett liknande problem D.v.s. en mkv-fil med srt-undertext som handbrake inte vill bränna in i video-spåret.
Du behöver MKVTools och Jubler.
1. Extrahera undertext-spåret med MKV-tools.
2. Öppna srt-filen med Jubler och spara den som en .ass-file (dessa är mer vanliga i MKV-filer).
3. Sen muxar du MKV-filen igen med MKVTools fast med din nya ass-fil tillagd.
Den resulterande MKV-filen kan du sedan reencoda med Handbrake och bränna in texten!