Anledningen till att den såg full ut är att den har en .Trash som är dold där alla filer ligger. Riktigt störade men det är bara att tömma den så löser det sig.
Sen att den inte hittar den, det kan bli så ibland på en pc (har iallafall hänt för mig ett antal gånger att vissa inte hittar mina USBstickor). Testa med andra och se till att det är fat32 på den. Det kan dock ha blivit så att när du fortmaterade den så försvann saker som inte skulle bort. Brukar inte våga formatera mp3spelare.
