Jag har själv en 2006 och det är inga som helst problem med diskar, se bara till att de är SATA2 eller bättre.
Den bästa prestandahöjande uppgradering du kan göra är att byta till en SSD som systemdisk. köp en som har ungefär dubbla kapaciteten du behöver för OS+program, allt annat kan ligga på vanliga diskar. (mitt system ligger på ca 100 gb och jag valden en 180gb OZ).
2tb diskar funkar fint.