Har du testat hastigheten i både itunes och hårddisk-läget? Det borde inte vara någon skillnad.. men testa ändå. Ifall du har fler firewireportar.. testa å byt.
I nästa steg så skulle jag börja med att testa ipoden på en annan dator för att se om felet är datorn/fw-kortet eller ipoden/kabeln.
mvh