har haft samma problem med låtnummer när jag använt Tag and rename. Ibland funkar det, ibland inte. När det inte funkar så hamnar låtnumret först i kommentarfältet i stället.
Jag fixade det genom att sortera låtarna i iTunes efter kommentar. Markera alla "01", ta get info på dem, ändra till track number 01, och sen markera alla med kommentar "02" osv.. tar 17 gånger om den längsta skivan har 17 låtar, men är inte såå jobbigt med tanke på antalet låtar.