Ja, Ipod stöder FLAC om du har rockbox installerat. Du får också mycket bättre ljudkvalite och bakgrunds oljudet som finns på apples firmware försvinner, det enda negativa med rockbox är att batteritiden är lite kortare än med apples fw, men det är det lugnt värt.
Man kan skicka in ipod 4g's för en mod där de bland annat tar bort ipodens inbyggda förstärkning och bygger om hörlurskontakten till en line-out. Självklart så måste man använda en extern amp då, som tex SR-71 etc. Mer info: Red Wine iMod
I orginalutförandet så är det i princip ingen skillnad mellan 4g och 5g ljudkvalitemässigt, möjligt att 5g har lite bättre ljud pga bättre inbyggd förstärkning dock.