Ok, jag har nog uttryckt mig lite oklart.
När det gäller iTunes så kan du välja att behålla den mappstruktur du själv gjort iordning, genom att stänga av inställningen "Kopiera filer till mappen iTunes Music...". Då får du dra-och-släppa låtarna i iTunes för att lägga till dem, eller göra det via menyvalet Lägg till mapp. Dock kommer de låtar som man rippar i iTunes fortfarande lägga sig i iTunes Music-mappen.
När det gäller iPoden så kan du inte styra detta på nåt sätt, det gör iTunes (eller ev. tredjepartsprogram) åt dig. Där läggs ju heller inte låtarna i särskilda mappar, utan i en enda - ipod_control, om jag inte minns fel.
När det gäller taggarna så missförstod jag dig, och trodde att de inte var ifyllda, eller var ifyllda fel. Jag håller med dig, jag vill också hålla i sär artister med "featuring", och det blir en hel drös olika artister av det i iTunes. Men då kan man ju använda sökfunktionen och söka på t.ex. en av artisterna, då får man ju fram alla låtar som artisten varit inblandad i, bara artistens namn finns med nånstans i taggarna.
Hoppas jag lyckades göra det lite klarare...