Nej, det är inte filsystemet.
Det finns två sätt att räkna. Beroende på hur du definierar 1 kB får du olika värden. Hårddisktillverkarna definierar 1 kB som 1000 B, men datorer använder det mer korrekta sättet som säger att 1 kB är 1024 B.
Om man då räknar 500 * 1000^3 och delar med 1024^3 så får man ett värde på 465,7 GB. Alltså får du helt korrekta värden.
Varför anger tillverkarna inte 465 GB istället? Jo, därför att 500 GB låter mer, men det är lika mycket och det är inte några byte som försvinner.