Om jag förstår dig rätt så vill du ha ett skrivbord, en "space", där du kan ha alla dina filer, genvägar, etc. Nu går det inte att lösa med Spaces, utan du får nog precis som Mattias säger göra en stack eller helt enkelt flytta dem till din användarmapp, till exempel.
Att man inte kan individualisera de virtuella skrivborden ytterligare är en enorm nackdel, och något som jag hoppas att Apple åtgärdar längre fram, så att man t.ex endast visar ansluta och monterade volymer på ett skrivbord och kan ha de övriga rena.