Använd t.ex iBrickr eller iPhoneBrowser för att bläddra bland mappar på din iPod, där kan du skapa mappar manuellt samt föra över filer.
NES spel ska du t.ex lägga i /var/root/Media/ROMs/NES/
Själv hade jag endast fram till /var/root/Media/ på min iPod Touch, jag skapade då en ROMs mapp i "Media" och ytterligare en "NES" mapp i "ROMs" mappen dit jag lade alla spelen.. fungerar utmärkt.
Du gör likadant med bios filen.
Det med summerboard är jag lite mer osäker på, du förklarade ju inte direkt problemet mer än att "det fungerar inte".