Jag har gjort något enstaka test av .mkv på Mac med QT och det tog också väldigt lång tid. Eftersom jag gör allt "tyngre lyftande" på min PC (min Mac är en MBA) så har jag inget vettigt att säga, tyvärr.
Men det har ju nyligen släppts en uppdatering till Handbrake. Det programmet tog tidigare bara DVD eller img-filer, men nu kan man mata det med en massa videoformat.
Från och med nu är Handbrake det självklara valet för encoding till iPods och AppleTV för mig. Det är kompatibelt med både Mac och PC och gratis. Det är MYCKET trevligt att man nu kan mata det med videofiler från allehanda format.
Testa det!