Med QuickTime Pro så kan du välja att "Spara som..." och därmed få bytt till .mov container, detta tappar du 0% kvalitet på. Men måste du konvertera till annan codec via exportering så kan förluster förekomma. Vad är syftet med det du vill åstadkomma? Ska du redigera filen eller vad vill du uppnå?
Premiere har jag inte använt så värst flitigt, men kan tänka mig att nyare versioner kan öppna .flv och sedan exportera till QuickTime .mov, men vilken codec du använder kommer att påverka den kvalitet du får. Väljer du DV får du nästintill ingen förlust, dock tar det mkt plats. MPEG4 med hög kvalitetsinställning (samt flerpasskodning) går ofta bra att använda för låga förluster.