Jag är inte 100% säker men gissar att Apple verifierar IPSW-filens checksumma med MD5 hashes för att verifiera att den inte är korrupt. Om din nedladdning av IPSWn misslyckas så bränner du inte din iPhone utan får ett 'vänligt' felmeddelande...
Genom att gå via Cydia så är det bara SHSHn som kontrolleras och inte MD5 checksumman.
Den som vet mer får gärna utveckla eller korrigera.