Om skillnaderna mellan de olika box-typerna kan du läsa här:
https://groups.google.com/forum/?fromgroups=#!topic/pdfnet-sdk/vjEbCnY_5M0
För att ändra dem finns det lika olika verktyg, först naturligtvis Acrobat, där jag hittade, men inte själv har testat, följande exempel:
MacScripter / Open PDF to bounding box.
Vill man göra det command line blir det lite svårare:
Det första alternativet är GhostScript Cropping a PDF using Ghostscript 9.01 - Stack Overflow
Själv skulle jag nog hellre försöka få snurr på en Python-lösning command line - Split pages in pdf - Unix and Linux
pyPdf
Det finns också ett lib som heter PoDoFo, men där måste du göra din egen build, vilket inte borde vara allt för svårt, men vis av erfarenhet skulle jag gissa att det knappast är helt smärtfritt heller
PoDoFo