...Vad ska jag tänka på?...
Det beror på vad du ska använda klonen till.
Om du vill kunna boota från den, så föreslår jag att du delar upp den i två partitioner, och klonar varje partition separat.
(Jag gissar att "2 parti" betyder att den gamla interna disken har 2 partitioner)
...Superduper eller skivverktyg...
Spelar ingen roll. Det är en smaksak. Själv föredrar jag CarbonCopyCloner.
...Hur ska den externa va inställd?...
Ja, det beror ju på vad du menar med "inställd".
Filsystemet bör vara samma som du har nu på den interna disken, vilket förmodligen är Mac OS Extended.
Och om du ska boota från den externa disken på en PPC-dator, så måste partitionstabellen vara "Apple partition map".