På sidan 3 ser jag att man inte tagit hänsyn till eller nämnt 8b/10b-kodningen som både USB, DisplayPort och PCIe använder. 8b/10b-kodning betyder att för varje byte användbar data (à 8 bitar) som ska skickas måste 10 bitar skickas över kabeln. Det tillkommer alltså en overhead på 25 %, eller, om man hellre vill se det så: 20 % av alla bitar som skickas över kabeln är overhead.
Med det som bakgrund förstår man att den maximala hastighet med vilken man kan skicka användbar data över USB 3.1 är
(5 Gbit/s) · (8 / 10 bit/bit) · (1 / 8 byte/bit) = 500 MB/s
(inte 625 MB/s) och för PCIe över Thunderbolt 3
(40 Gbit/s) · (8 / 10 bit/bit) · (1 / 8 byte/bit) = 4 GB/s
(inte 5 GB/s).