I iTunes bränner man inte mp3-cd:s, man bränner vanliga musikcd:s. I en musikcd går det inte att dela upp "filerna" (som egentligen inte är några filer, just för att det är en musikcd ) i mappar.
Gör precis som DaPhox säger, gå till din hemkatalog/musik/itunes/ där finns allt uppdelat i mappstruktur.
Stoppa i en cd, dra över, och bränn. Dock är ju problemet att du har dem som aac. I så fall får du konvertera dessa till mp3 (vilket man egentligen inte ska göra, komprimering två gånger är aldrig bra).
/K