Det här är en av de onödigaste frågor jag vet.
Det är, som du anade, mycket lite du sparar. Min OS9-systemmapp är på fruktansvärda 157 Mb. En promille av hårddisken! Inget! OSX visslar iväg mycket mer bara i swaparea. Stuva ner systemmappen och ev OS9-programmapp någonstans där den inte är i vägen bara. (Och ta fram den när du t.ex. vill spela MDK.)
Det är alltså helt onödigt att ha systemmappen och OS9-programmappen skrotande på toppnivån. Jag antar att det där därför det är frestande att städa bort det, men man kan gott stuva ner det i en mapp där det känns rätt, precis var man vill.
Om du verkligen vill spara plats så tag bort ett eller två större OSX-program som du inte använder (iDVD är 433 Mb!).