Testa "Quit Application CM" (finns på Versiontracker). Det är en ContextualMenu-plugg som ger dig möjlighet att avsluta även vissa dolda bakgrundsprogram, som kanske knasar till det. Ta då alltid "Quit All apps & background apps) innan du ska stänga datorn. Kanske funkar.
Minns att det finns även ett likadant program som är en Inställningsrad-plugg. Den hade jag på OS9-tiden, och den var toppen!