Steinberg har någon mjukvarugrej för att koppla ihop två burkar som kör Cubase. Till OS X finns Wormhole som kör audio över ethernet, och Jack till Linux (finns månne någon Windowsport?) fixar det också vad jag förstått.
Personligen tror jag att distribuerad audioprocessning är en grej som kommer komma till alla de stora sequencerna ganska snart (Apple/Logic har redan liknande lösningar för andra sorters beräkningar, och Wormhole fungerar men med brister, så det är uppenbarligen möjligt att göra). Det kanske inte löser ditt problem just nu, men bara vänta två år eller så.
Skulle testa midi i din situation, och fundera på digitala utgångar + klocka om det inte funkar bra.