Jag hade ett liknande problem en gång.
Hade bouncat en låt men hade råkat trycka in soloknappen så att bara en kanal följde med.
Tog bort solo så att alla spåren hördes och bouncade om det igen. Släppte filen över iTunes och lyssnade men då fanns fortfarande bara en kanal med. Bouncade om flera gånger innan jag fattade att iTunes aldrig kopierade in den nya AIFF-filen då det redan fanns en likadan låt med samma namn (fast bara en kanal). Tog bort den gamla från iTunes och släppte den nya och då fanns alla kanalerna med.