MIDI in på Ion SKA vara elektriskt isolerat från datorns MIDI ut, det säger MIDI-standarden. Visserligen är det inte alla som följer den till 100% men ändå.
Det enda jag kan komma på är att det skulle vara någon mystiskt jordloop, men isåfall måste det nästan vara konstruktionsfel i Ion:en. Alternativt att MIDI-in optokopplaren har pajat i Ionen. Båda grejerna ska givetvis gå på garantin, eller konsumentskyddet.
En långsökt tanke är att Ionens MIDI-interface plockar upp nån störning från datorn; har du provat att flytta den längre från datorn?
Ytterligare en tveksam möjlighet är att du kör på ett Joystick-MIDI-interface, och att Ionen på något sätt får Joystick-signaler som den reflekterar. (OBS: är inte ens säker på att detta är teoretiskt möjligt). Vad har du för MIDI-interface?
...bara några longshots liksom.