Jag testade och kunde inte återskapa dina problem (Opera PC, IE 6 PC, Mozilla PC)
Layers är ingenting annat än CSS alltså inget Javascript eller något annat. Däremot kan du kontrollera style sheets via Javascript.
Det nu som kan vara fel är att du låter all javascript skrivas till en egen fil (.js) istället för att inkludera koden i sidan.
Detta ändrar du i inställningarna->Script Library
p.s uppdatera också till 6.0.1 (borde vara en 6.1 uppgradering) medans du är i farten