Skadat dokument, skadade bild-/grafikfiler, eller skadade fonter skulle jag tro. Tyvärr är det mest troligt att det är ett skadat dokument eftersom du heller inte kan spara som.
Testa att exportera dokumentet till InDesign Interchange, öppna det exporterade dokument och försök göra PDF från det. Om det inte går bör du snarast möjligt börja rädda delar av dokumentet. Antingen genom att klippa och klistra till ett nytt dokument, eller ännu hellre, genom att sidvis göra "snippets"/utdrag som du sedan tjongar in i ett nytt dokument.