Om du stänger av den så kommer CPU (och därmed alla programvara) att stå still. Inget underligt i mina ögon. Däremot så kan du släcka skärmen (men iPhone är igång) och då fungerar larmet.
Jag har sett samma sak på mobil som du beskriver, men trots att mobilen s.a.s. är avstängd så finns det ändå en liten klocka igång som startar igång mobilen är tiden är inne. Det är speciell hårdvara (som jag förstår det) som är dedicerad för just detta ändamål.