Jag tror att det mesta sånt sker automatiskt i Skype. Den enda inställningen för sånt som jag känner till är det som finns inbyggt i OS X, under Systeminställningar->Ljud, där man kan slå av och på "använd brusreduktion för omgivningsljud". På Windows vet jag inte.
Annars så brukar Skype funka bättre om man använder hörlurar, men det gör ni kanske redan?