Problemet med roterade bilder är ett InDesign CS3-problem, vad jag vet. Jag tror att det kom i samband med någon av uppdateringarna till InDesign dessutom. Jag har inget minne av att det fanns från början.
Det är otroligt störigt, men man blir som sagt av med det genom att använda t.ex. tiff istället. Ibland kan man även bli av med det genom att testa andra pdf-versioner, men det är inte helt pålitligt har det visat sig.