Har själv gjort precis det du vill göra på din externa disk. Det funkar alldeles utmärkt. Personligen har jag en extern Western Digital 250 Gb. Jag partitionerade den i 2 delar. En som jag kallade MAC BACKUP och som har formatet Mac OS Extended (Journalförd) - Används till Time Maschine och tar upp 200 Gb
Den andra kallade jag PC BACKUP och som har formatet FAT32 - Används som PC backup samt för filöverföring mellan Mac och PC, denna artition ta upp 50 Gb.
Hur du väljer att göra beror helt på dina behov. Jag skulle helst själv vilja ha en extern disk endast för Time Maschine men i mitt fall går inte detta då jag måste backa upp en annan PC samt att jag vill kunna överföra filer mellan olika operativsystem. Dock misstänker jag att om du vill partitionera om din disk så måste detta göras helt från början och därmed bör du kopiera över din nuvarande data till en annan disk innan du gör det.
Lycka till!