Jag har ägnat november åt att rippa alla mina DVDer för att kunna köra via Plex, iallafall tills jag har lyckats fixa hit en ATV från USA. Jag har upplevt samma problem med filerna, men eftersom jag håller på med taggning och sånt tankade jag ner mp4v2-paketet från macports, och i det finns det ett program som heter mp4file som hjälper till att optimera mp4-filen för streaming. Jag testkörde med lite besvärliga filer som hackat för mig förut (de ligger på en extern disk kopplad till min Time Capsule), och nu funkar det helt perfekt!
Om du har installerat macports är det bara att köra följande kommando vid prompten för att installera mp4v2:
sudo port install mp4v2
Och när du är klar med det, så kan du köra
mp4file --optimize /path/to/file.m4v
Så organiserar den om mp4an för streaming. Det tar ett tag, iallafall när filen ligger på nätdisk, men när den väl är klar är filen betydligt mer väluppfostrad, iallafall i mitt nät.