Du kan inte styra öppningsalternativen från InDesign. Däremot kan du enkelt lägga upp "batch"-jobb i Acrobat, dvs att du t.ex. pekar ut en mapp där Acrobat ska leta, ange inställningar som ska utföras, och var de påverkade pdf-filerna ska sparas (över originalet, som kopia etc.)
På så sätt är det bara en knapptryckning bort, oavsett hur många filer du behöver ändra.
Självklart kan det automatiseras mer än så, men du kommer inte att tycka det är värt besväret (kostnaden) för det, så mitt förslag är att du löser problemet på en "lagom" nivå.