Själv låter jag iPhoto ta hand om bilderna och "originalen" har jag kastat. Det blir bara rörigt i mitt huvud om jag har "original" på flera ställen samtidigt.
Biblioteksfilen är som sagt bara en förklädd mapp ("paket") så dina bilder ligger där som vanliga filer om det värsta skulle hända. Men du ska aldrig öppna den mappen och pilla runt med filerna där för då blir iPhoto yr i bollen. Använd istället iPhoto konsekvent för att sortera bilderna eller om du vill maila/ladda upp/redigera. Om ett Mac-program visar en fil-dialog kan du hitta iPhoto-bilderna i "Medier", eller så drar du bara bilden från iPhoto till fil-dialogen.
(Om du har redigerat bilden i iPhoto så kan varje bild ligga i tre upplagor på olika ställen i den dolda biblioteksmappen: Originalet, den senast redigerade och en lågupplöst tumnagel. Det är lätt att välja fel här om man rotar manuellt.)
Se för guds skull till att du har ett bra backup-system som inkluderar iPhotos bibliotek. Använd minst Time Machine. Det finns inga ursäkter att låta bli.
iPhoto är utmärkt för JPG-bilder. Fotar du i RAW skall du ha något annat som Aperture eller Lightroom.
Jag har beskrivit i en annan tråd hur man mycket enkelt redigerar iPhoto-bilder i en extern redigerare (som photoshop) om man skulle behöva det.