Vill bara fylla på och säga att jag lider av samma problem, jag öppnade precis en ny tråd kring min tänkta lösning på problemet (om än drastisk): http://www.99mac.se/forum/t/303399-byta-till-icke-apple-chassi-for-mac-mini-mid-2011
Jag har dock läst en hel del kring problemet, det verkar inte vara helt ovanligt om vi säger så. En del lösningar som folk föreslagit är att applicera ny kylpasta då denna tydligen var halvdan från fabrik. Sedan har jag sett många skriva om att köra smcFanControl för att kontrollera fläkten så att den vid idle ligger några RPM högre så att den klarar lite tillfälliga toppar av belastning utan att behöva snurra igång ännu högre.
Personligen är jag dock sugen på en helt tyst maskin, har blivit bortskämd av exempelvis iPad och vill nu ha en helt ljudlös Mini också. Jag har letat eftermarknadsfix för problemet, men det är ganska udda och tafatta förslag folk kommer med, därav mitt val att börja kika på byte av chassi.