Det är ytterst osannolikt att det har med vare sig "för gammal" pdf-version eller "ruttna" TrueType-fonter att göra.
PDF-standarden är uppbyggd så att den utökas, men inte så att redan befintliga möjligheter förändras. Det är helt och hållet ett renderings-fråga, och det är verkligen inte första gången som Apples PDF-renderare inte klarar alla delar i PDF-standarden (det har den aldrig gjort). Söker man på Google så går det att hitta bokstavligen miljoner träffar om hur Preview inte kan rendera alla PDF-er.
Hursomhelst, värt att prova är att rensa systemets cache-filer och sedan starta om.
Funkar det inte då är det bara att gilla läget och inse att Preview inte är till för att återge allt perfekt, utan just för att vara en Förhandsgranskare.