Inte för jag vet om det hjälper men -
Jag har samma uppsättning som du.. Gjorde ett enkelt diagram i excell, markerade allt och klistrade in i Illustrator. Då fick jag en modal dialogruta om att "en okänd skuggtyp påträffades). Resultatet blev pixlig graf (ligger ju ingen skugga på stödlinjer, axlar och på axlarnas värde). När jag kollade så låg det en skugga på grafen. Tog bort den och klistrade in på nytt i illustrator. Sparade som .AI och monterade i Indd, exporterade som PDF och det funkar hur bra som helst.
Så skuggor i excell verkar vara lite vajsigt...
/martin