Jag hade samma önskemål när jag började använda mail.app och löste det (ganska) enkelt med den inbyggda filterfunktionen.
Först stängde jag av "Nytt brev-ljud" under "Allmänt" i inställningarna.
Därefter skapade jag en regel "Skräppost" som ligger först i listan och innehåller instruktionerna "Om brevet är skräppost flytta det till brevlåda skräp och sluta behandla regler" Man kan ju även lägga till "Markera som läst" och/eller "Spela ljud" om man vill.
I mitt fall har jag sedan ytterligare några regler för andra varianter av spam (för att fånga ytterligare några fall som inte plockas av det inbyggda spamfiltret).
Slutligen, eller kanske snarare som början på resten av filterlistan där alla vanliga brev sedan tas om hand och sorteras ligger sedan en regel som lyder: "För alla brev, spela ljud" och så har jag valt något trevligt ljud. Se till så att det inte ligger en "Sluta behandla regler" efter bara, för då blir inte resten av filtren särskilt användbara...
Med ovanstående åtgärder kommer skräppost och annat man inte vill kännas vid att ha förpassats till lämpliga brevlådor innan ljudet för ny post har triggats och man blir inte störd i sitt viktiga arbete i onödan!
/Göran