Jag har haft samma problem och även läst andra inlägg här på forumet från folk som haft synkproblem. Det som hände mig (och även dig verkar det som) är att klippen liksom driver ur synk, ovasett samplingsfrekvens på kamera/timeline, och oavsett "sync adjust på eller av.
Om jag inte missminner mig var den allmänna meningen då att detta var en bugg i FCP som gjorde sig bemärkt när man körde långa klipp i Capture Now. Det enda tips jag har fått, som fungerar, är att bita i surt äpple och dela upp 35-minutersklippet i flera mindre klipp och köra batch capture.
Men om du hittar annan lösning får du gärna posta om det.