Så här har jag förstått virrvarret kring olika filformat och standards:
MPEG står för Moving Picture Expert Group och tar fram förslag till branschstandard, primärt för film (ljud och bild). Med deras breda förankring finns förutsättningarna för att fastställa ISO-standards. Vad jag kan förstå får vem som helst använda dessa standards.
AAC är egentligen tekniken bakom ljudkomprimering både MPEG2 och MPEG4, alltså en del av MPEG-standarden. De filer som med standardinställningar i iTunes blir resultatet av import till iTunes får containern/filen ändelsen m4a (MPEG4 Audio).
Microsoft försöker istället att etablera sina egna filformat där bara Microsoft avgör vilka som ska kunna använda formatet och vad det ska kosta. De verkar inte vilja att deras filformat ska kunna användas av ex folk som envisas använda något annat än Windows...
Som sagt, så har jag uppfattat det hela (utan att vara någon form av expert).