Det beror på rippen, men man rippar (vågar jag nästan säga) aldrig från öppna dokument längre, utan går via PDF, så det spelar ingen roll. Att göra en PDF är ju en form av ripp, och vissa PDF-flöden kan ha problem med annat än lite äldre EPS-filer, men det gäller mest flöden baserade på Quark. Ett indesign-flöde är av naturliga skäl oftast mer modernt.
Det är nog bara att köra, skulle det bli problem kan man ju konvertera i efterhand, men det ska inte behövas. Det enda du ska tänka på är vilken färgrymd du jobbar med, men det är ju inget nytt.