Har personligen också haft enorma bekymmer med likanande problem och för min del har det alltdi varit filstorleken som spökat. Om du har möjlighet så gör det via terminalen istället.
Export - alla databasen
mysqldump --all-databases --opt -u root -p > all_databases.sql
Export en db
mysqldump --opt -u root -p db_name > db_name.sql
Export en table
mysqldump --opt -u root -p db_name table_name > table.sql
Import
/usr/local/mysql/bin/mysql -u root -p < all_databases.sql
Import en tabel
/usr/local/mysql/bin/mysql -D db_name -p < table.sql
Som du ser är det ganska överskådligt och grymt effektivt.