Mycket text att läsa igenom så jag är lite lat och dubbelkollar: Har du möjighet att göra en helt ren återställning från t ex en USB-sticka? I så fall känns det som den säkraste vägen. Tangentbordet fungerar ju uppenbarligen på andra konton än där du vill, så det lär inte vara något hårdvarufel.
En omformatering samt PRAM-reset, och sedan nyinstallation av senast möjliga macOS borde fixa biffen! Kolla här hur du gör en bootningsbar extern skiva: https://support.apple.com/en-us/HT201372
PS. Om du verkligen vill veta vad som hänt kan du starta upp på det andra kontot, skapa en ny användare med adminrättigheter, och sedan börja dissikera den "trasiga" användaren. Dvs, flytta ut allt från Biblioteket på skrivbordet, starta upp och börja plocka in dessa filer igen, till slut kommer du hitta vad som felat. Men det kommer ta tid… DS.