Det är inte som så att den mappen ligger som ett undantag i Spotlightinställningarna (System Preferences > Spotlight > Privacy)? Mig veterligen använder alltid Finder Spotlight för att söka efter filer/kataloger.
Man kan (kunde?) också lägga på ett .noindex om man inte ville ha spotlight söka/indexera en mapp eller fil. Vet inte om den filändelsen visas som standard, du kanske får kolla i terminalen, men det är ju ett tänkbart alternativ som de kan ha implementerat.