Vilket färgläge ligger objektet i? Har du färghantering på? I så fall vilka inställningar? Vilka PDF-export-inställningar har du? Vilket program betraktar du filen i?
Det ser spontant ut som felaktiga färginställningar, men om du inte hittar något annat så kan du prova att markera loggan och ange den till 99,5% opacitet och köra ett nytt test