Ok, så skulle jag själv välja att gå vidare på följande sätt:
1) Börja med att ta bort den EPS-loggan från InDesign-dokumentet och se vad som händer (sluta f.ö. använd EPS, det är ett felkänsligt, obsolet format)
2) Om inte det funkar, använd den klassiska felsökningsmetodiken, som består i att man tar bort halva dokumentet i taget och ser om felet kvarstår. Låt oss för att ta ett exempel anta att du har ett dokument på 16 sidor, då börjar du med att ta bort sidorna 9-16, kollar om felet kvarstår, i så fall, ta bort sidorna, 4-8, om felet fortfarande kvarstår, ta då bort sidan 3-4, om felet då plötsligt försvinner, ångra ett steg (så du får tillbaka 3-4) ta nu bort allt annat, och fortsätt med samma metodik på de kvarstående sidorna (i detta exempel två)
Det verkar omständligt, men i själva verket går det oerhört fort att göra det.