Det är en bug i Indesign med illustrator-epser (gäller ev. freehand med, men inte testat) sparade med mac preview (default). Sparar du om dem med 8-bit tiff preview istället så funkar det. Det luriga är att det ser rätt ut när man kikar i Indesign med hög upplösning på previewerna men blir galet i tryck. Syns i PDFerna som tur är, bara man kommer ihåg att kolla även små loggor på sidorna...
Enklast att kolla om man är i riskzonen är att se om epserna får ogenomskinlig bakgrund vid normalt visningsläge. Får man det är det läge att spara om dem. Du kan ju testa om epserna uppför sig nåt bättre (utan att behöva spara om dem) ifall du låter Indesign generera förhandsvisning vid montering istället för att använda den inbyggda. Klicka i "visa importalternativ" för att komma åt den funktionen.