Det är snarare så att EPS är ett komplext format med liten feltolerans. Jag skulle misstänka att Photostation gör någon avvikelse från EPS-standarden som InDesign inte gillar men som Photoshop hanterar annorlunda.
Nu berättar du inte vilken version av InDesign ni använder, men se till att de senaste uppdateringarna är installerade. En annan viktig sak är vilken version av operativsystemet ni använder. En version av Panther (vill jag minnas att det var) hade en allvarlig bugg i hanteringen av EPS-filer som fick en rad andra program att krascha (nu tror jag inte att det är det i ert fall,men kolla iaf)
Just när det gäller urklippsbanor vet jag att det är en trixig sak att få rätt i Postscript och att många tredjepartsutvecklare har problem med det. Jag skulle personligen snarare tro att det är en bugg i Fotostation. Att filen blir riktig när den sparas från Photoshop tyder på det. Att den hanteras korrekt i quark beror i så fall på att Quark egentligen inte tolkar postscript-koden, vilket däremot InDesign gör. På vissa sätt bra, men leder också till att en felaktig fil inte kan hanteras.
Hur indesign hanterar urklippsbanor kan du bl.a. läsa om här:
http://www.adobe.com/support/techdocs/323674.html
Om de senaste uppdateringarna av InDesign inte löser problemet så får du vända dig Fotoware och se om de har någon ytterligare info, eller göra som jag sa, byta bildformat till TIFF, PSD eller JPG. Det kommer ni ändå att göra så småningom