I mina öron låter det som lite overkill med Indesign för att få ut etiketter då jag brukar använda Filemaker för att göra liknande saker. Det tar inte många minuter att importera ett excel-ark och skapa en layout med den inbyggda guiden för just etiketter.
Men förutom det, så kan det ha att göra med att du har felaktiga data i ditt excel-ark. Prova att öppna tab-separerade filen i tex BB Edit eller texthanteraren och se om det dyker upp konstiga krumelurer, eller gör det i Word. I alla tre fallen - försök att visa osynliga tecken, så att du ser alla tab och radbrytningar. Kanske data verkligen är fel? (Det är skillnad på returtecken och returtecken nämligen och när du sparar som tab-separerad text, kanske du råkar pilla på någon inställning du inte tänkt pilla på, så att det blir komma-separerad text istället? Det är värt att kolla alltså på vad som verkligen står i filen. )
Du kan också prova att försöka korrigera felaktiga data, antigen genom att spara om Excel-arket i olika format först, innan du gör tab-separerade filen, eller göra detsamma i Textredigeraren, BB Edit eller Word (som faktiskt kan spara som ren text.) Om du i textfilen ser tex konstiga tecken (korstecken har jag sett ibland men även att åäö blir konstiga), så kanske du behöver göra en sök-ersätt för att rensa bort allt sådant.