Kör ni PDF:erna genom någon koll / behandling när ni får in dem? t.ex. Pitstop.
Vad Photoshop säger när du försöker öppna en PDF är i regel helt ointressant, eftersom en PDF normalt består av både vektor- och pixelgrafik och då rapporterar Photoshop bara de senast använda värdena, dvs det säger inget om vad filen egentligen innehåller.
har du Acrobat 6 Professional har du utmärkta preflight-verktyg inbyggda som kan hitta i princip alla konstigheter