Det borde inte göra det men det kan du ju undersöka själv. Laddaren börjar ju bara ladda batteriet när den känner av en viss urladdning. Om det är så att laddaren drar igång med laddningen innan batteriet är helt tomt skulle det ju kunna slita på batteriet i viss mån. Tyvärr är inte batterierna kända för att ha lång livslängd och god kvalite.
Antalet laddningar som ett iPod-batteri klarar under sin livlängd har diskuterats, även från Apples sida, och då har det påpekats att det rör sig om fulla laddningar. Dvs. en kort laddning från halvfullt till fullt räknas bara som en halv laddning när livslängden beräknas.
Personligen tror jag att vilket batteri som helst slits något mer av att ladds flera gånger, även om det inte rör sig om långa laddningar. Studera när laddningen påbörjas (vad visar batterimätaren) efter att iPoden stått orörd i dockan en lång tid. Startar laddningen är datorn sätts på eller trots att batteriet är nästan fullt, skulle jag nog välja att endast ha den i dockan när det behövs. Startar laddningen endast när batteriet är tillräckligt tomt kan du ju låta enheten stå i dockan för jämnan.